おじいちゃん（坂下先生）の突然の死。研究室から見つかったちび恐竜の安全を守るため、絵留が預かることになった。初めて対面したちび恐竜は、なんと言葉を話せるのだった。

言葉を話す恐竜のダイくんと暮らすことになった絵留。幼なじみの直也（なおや）がやってきて、ダイくんを見られてしまった。ところが、直也はダイくんについて何か知っているようで…。

学校に興味を持ったちび恐竜のダイくん。連れて行ってと絵留に頼（たの）むが、もちろん答えはノー。ところが、ある朝学校に着くと、絵留のバッグの中にダイくんが忍（しの）び込（こ）んでいて…。

給食の時間に食べたものが原因なのか、おなかが痛いと言い出したちび恐竜（きょうりゅう）のダイくん。手の中でぐったりしているダイくんに対し、絵留（える）はどうしたらいいのかわからなかった。

ちび恐竜（きょうりゅう）のダイくんは、人工的なもののないところで育ったようだった。一方、絵留（える）の父の調査で、祖父が地図に載（の）っていない島について調べていたことが判明し……。

ピクニックに行った帰り道、偶然（ぐうぜん）見つけた廃墟（はいきょ）と化したテーマパークの中に、ダイくんが入っていってしまう。そこには、中型犬くらいの大きさの恐竜（きょうりゅう）がいたのだった。

ちび恐竜（きょうりゅう）ダイくんのルーツを探（さぐ）っている絵留（える）たち。偶然（ぐうぜん）見つけた「キョウリュウパーク」。絵留とおばあちゃんは、そこの創設者の息子（むすこ）、佐藤（さとう）さんに会えることになった。

佐藤成一（さとうせいいち）さんの記録によると、紫（むらさき）の霧（きり）に包まれた島に小さな恐竜（きょうりゅう）たちがすんでいるようだった。おじいちゃんのパソコンからも「紫の霧」という名前のフォルダが見つかって……。

ダイくんを盗（ぬす）もうとしたサムさんだったが、おじいちゃんの遺影（いえい）の前で反省したようだった。その夜、おじいちゃんにもらった懐中（かいちゅう）時計を見ていた絵留（える）は偶然（ぐうぜん）あるものを発見し…。

絵留（える）がおじいちゃんにもらった懐中（かいちゅう）時計。そのふたの裏から小さなカードが見つかった。お父さんが確認（かくにん）した結果、その中には予想通りダイくんにまつわるデータが入っていた。

懐中（かいちゅう）時計に隠（かく）されていたデータから、おじいちゃんとダイくんの出会いについて知ることができた。夏休みを利用してアメリカに渡（わた）った絵留（える）は、ついに紫（むらさき）の霧（きり）に遭遇（そうぐう）して……。